جنگ يعقوب با خليفه در 262 در سال 261 يعقوب نامه‌اى بمعتمد خليفه نوشت و علّت دستگيرى محمّد طاهرى و اختلال حال خراسان را در نتيجهء بىكفايتى او در آن تقرير كرد و در ضمن نيز يكى از رؤساى خوارج را هم كه بادّعاى خلافت برخاسته و يعقوب او را كشته بود با آن نامه ببغداد فرستاد . معتمد از بابت محمّد طاهرى سخت آزرده شد امّا چون نميتوانست علنا با او از در مخالفت درآيد امر داد كه سر آن خارجى را در بغداد آويختند و فرستادهء يعقوب را بنيكوئى برگرداند و باستمالت امير سيستانى پرداخت . يعقوب كه همه وقت خيال استيلاى بر فارس را در دماغ خود مىپخت در شعبان 261 از سيستان به آن جانب حركت نمود و از اسرا على بن حسين بن قريش حكمران سابق فارس و امير محمّد طاهرى را نيز در اين سفر با خود همراه داشت . امرى كه يعقوب را اين بار به حركت به سمت فارس محرّك گرديد استيلاى محمّد بن و اصل بود بر آن خطّه و بيرون آوردن آنجا از دست گماشتگان معتمد خليفه . محمّد بن و اصل را يعقوب از جانب خود بر كرمان حاكم كرده بود و او اندكى قبل از حركت اخير يعقوب بر فارس و اهواز تسلّط يافت و به قصد حملهء بواسط به آن حدود عازم شد . يعقوب بمجرّد شنيدن اين خبر به قصد فارس رهسپار شد و در اصطخر نمايندهء محمّد بن و اصل باستقبال او آمده قلعهء آنجا را بتصرّف او داد و يعقوب پس از ضبط غنايم قلعه راه شيراز پيش گرفت در اين تاريخ حاكم قهستان خراسان از جانب يعقوب يعنى محمّد بن زيدويه كه او را امير صفّارى از شغل خود معزول كرده و بمحمّد بن و اصل پيوسته بود محمّد بن و اصل را بمخالفت با يعقوب برانگيخت امّا چون يعقوب نزديك شد محمّد بن زيدويه بىجنگ گريخت و محمّد بن و اصل هم كه از اهواز بجلوگيرى يعقوب شتافت مغلوب و منهزم شد و يعقوب مجدّدا فارس را تحت فرمان خود آورد . پس از فتح فارس يعقوب عازم اهواز شد و چون آن شهر را گشود به سمت واسط حركت كرد .